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Ryzen Threadripper 3990Xで新型コロナウィルス解析の分散コンピューティングに参加するとどうなる?

2020年04月27日 00時00分更新

文● 加藤勝明(KTU) 編集● ASCII

「Folding@Home」と「Rosetta@Home」でRyzen Threadripper 3990Xは使い切れるのか検証する

 人類はこれまでにも多くの疾病と闘い克服してきた。今猛威を振るっている新型コロナウイルス感染症(COVID-19)もいつかは乗り越えられると皆信じて日々を過ごしている。

 現時点で我々ができることは手洗い&うがいや社会的距離の確保、そして十分な休息が第一とされているが、自分のPCを使って貢献できること(あくまで可能性だが)がある。

 それはCOVID-19を引き起こすウイルス(SARS-CoV-2)の構造を徹底的に解析するというものだ。既にSARS-CoV-2のゲノムについては解析が済んでいるが、SARS-CoV-2を構成する多種多様なタンパク質がどういった構造をとっているのか、それがどう振る舞うのかについてはまだ解明されていない。

 こうした分子生物学的なアプローチによって治療法の発見の足がかりができると期待されているが、タンパク質の解析には莫大な計算力が必要になる。

 この計算力問題を解決するのが分散コンピューティングプロジェクトだ。個人所有のPCの持つ計算力はわずかでも、それを合わせることで大きな計算力になる。ウイルス治療法のABCすら知らなくても、計算力は提供できる。SARS-CoV-2の解析によって突破口が見つかる糸口になれば、ハイスペックなPCを持った甲斐があったというものだ。

 この分散コンピューティングプロジェクトに参加するために必要な資格などはない。自分のPCの消費電力が増えてしまうことさえ許容できれば、誰でも無料で参加できるし、いつ脱退してもペナルティーはない。

 筆者は「人類のために参加しろ!」と言うつもりはないが、今のAMD製CPUは分散コンピューティングプロジェクトで高い貢献ができるだけの素晴らしいパフォーマンスを備えている。

 そこで今回は、AMDの誇る「Ryzen Threadripper 3990X」で分散コンピューティングプロジェクトがどんな感じで動くのか、についてざっくりと検証してみた。64コア(C)/12スレッド(T)のCPUを搭載すると、一体どれだけ回るのか、実際に調べていきたい。

分散コンピューティングプロジェクトのひとつ「Folding@Home」の公式サイト

「BOINC」も有名

 今回の検証は以下のハードウェア構成で実施した。メモリーは当初32GBを選択したが、実はこれは大きな誤りだった。詳細は後述する。

検証環境
CPU AMD「Ryzen Threadripper 3990X」
(64コア/128スレッド、2.9~4.2GHz)
マザーボード ASRock「TRX40 Taichi」
(BIOS P1.60)
メモリー G.Skill「F4-3200C16D-16GTZRX」×2
(DDR4-3200、8GB×4)
ビデオカード NVIDIA「GeForce RTX 2080 Ti Founders Edition」
ストレージ ウエスタンデジタル「WDS100T2X0C」
(NVMe M.2 SSD、1TB)
電源ユニット Super Flower「Leadex Platinum 2000W」
(2000W、80Plus Platinum)
CPUクーラー CRYORIG「A80」
(簡易水冷、280mmラジエーター)
OS Windows10 Pro 64bit版
(November 2019 Update)
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